【これまでの出版物】
西田直二郎編『京都帝国大学国史研究室史料集』星野書店、1933年
『神祇並神道史に関する展観目録』京都帝国大学文学部国史研究室、1936年
『神道史資料展観目録』第2回、京都帝国大学文学部国史研究室、1937年
『神道史資料展観目録』第3回、京都帝国大学文学部国史研究室、1938年
『平戸松浦家資料』京都大学文学部国史研究室、1951年
京都大学文学部国史研究室編『日本史事典』創元社、1954年
京都大学文学部国史研究室編『日本史研究事典』創元社、1955年
京都大学文学部国史研究室編『日本近代史辞典』東洋経済新報社、1958年
『国史論集 ―創立五十年記念―』第1～2巻、読史会、1959年
『読史会五十周年記念絵葉書』読史会、1959年
『読史会回顧五十年』読史会、1959年
京都大学文学部国史研究室編『日本史辞典 改訂増補版』東京創元社、1960年
『敦賀市古文書目録』京都大学文学部国史研究室、1960年
『南条郡古文書目録』京都大学文学部国史研究室、1960年
『武生市古文書目録』京都大学文学部国史研究室、1962年
『丹生郡古文書目録』京都大学文学部国史研究室、1962年
京都大学近世物価史研究会編『15～17世紀における物価変動の研究』読史会、1962年
『堺市古文書目録 1-2』京都大学文学部国史研究室、1965年
『大野郡古文書目録』京都大学文学部国史研究室、1966年
『国史論集 ―小葉田淳教授退官記念―』小葉田淳教授退官記念事業会、1970年
『国史論集 ―赤松俊秀教授退官記念―』赤松俊秀教授退官記念事業会、1972年
『教王護国寺文書目録』京都大学文学部国史研究室、197-年
京都大学近世史研究会編『論集近世史研究』京都大学近世史研究会、1976年
京都大学文学部国史研究室編『坂井郡古文書目録』福井県、1980年
『一乗院文書(抄) ―京都大学国史研究室蔵―』京都大学文学部国史研究室、1981年
読史会編『読史会八十年』読史会、1991年
朝尾直弘教授退官記念会編『日本社会の史的構造 ―近世・近代―』思文閣出版、1995年
朝尾直弘教授退官記念会編『日本国家の史的特質 ―近世・近代―』思文閣出版、1995年
大山喬平教授退官記念会編『日本社会の史的構造 ―古代・中世―』思文閣出版、1997年
大山喬平教授退官記念会編『日本国家の史的特質 ―古代・中世―』思文閣出版、1997年
藤井讓治・有坂道子編『京都大学文学部日本史研究室関係日記目録』京都大学大学院文学研究科、2001年
藤井讓治・岩崎奈緒子編『鷹峰村文書目録』京都大学総合博物館、2003年
勝山淸次・早島大祐編『京都大学文学部日本史研究室所蔵和書目録』京都大学大学院文学研究科、2005年
勝山淸次研究代表者『中世寺院における内部集団史料の調査・研究』（科学研究費補助金(基盤研究(B)(2))研究成果報告書 平成15-17年度）勝山淸次、2006年
勝山淸次編『南都寺院文書の世界』思文閣出版、2007年
岩崎奈緒子編『石井家文書目録』京都大学総合博物館、2007年
岩崎奈緒子編『土山家文書目録』京都大学総合博物館、2009年
【京都大学史料叢書】
『兵範記』第1～４巻、思文閣出版、1988年～2020年
『京都雑色記録』第1～3巻、思文閣出版、2003～2012年
『吉田清成関係文書』第1～7巻、思文閣出版、1993～2018年
中町美香子・鎌田元一編集・解説『安祥寺資財帳』思文閣出版、2010年
『西山地蔵院文書』思文閣出版、2015年
谷川穣・鈴木栄樹編集・解説『田中不二麿関係文書』思文閣出版、2021年