哲学基礎文化学系は、旧哲学科を基にしており、大学院では思想文化学専攻となります。教員組織としては、哲学・宗教学講座と美学美術史学講座に分かれ、専修単位としては、哲学、西洋哲学史（古代・中世・近世）、日本哲学史、倫理学、宗教学、キリスト教学、美学美術史学の7専修があります。広い意味での哲学を学ぶ場としては日本最大級の規模と多様性をもち、専修相互間の交流、連携も活発に行われています。
哲学専修
心の哲学、言語哲学から生命の哲学、宇宙論の哲学まで、西洋近代哲学と現代の最先端の諸理論を学びつつ、新しい時代の哲学を幅広く追求する。
西洋哲学史専修
哲学史は哲学の「フィールドワーク」の場である。哲学とは何かを理解し、哲学的に思考する力を身につけるためには、まずその歴史と伝統に立ち返ることが不可欠である。
日本哲学史専修
明治以降の日本の哲学の形成と発展、つまり、西洋哲学の受容と対決の中から生み出されいった独創的な思想の歩みをたどり、日本の文化的・思想的創造の向かうべき方向を探る。
倫理学専修
本専修においては、およそ人間の行為に関するすべての規範を、伝統的な倫理学の研究と現代の応用倫理学研究という双方の視座から同時に考察することを目的とする。
宗教学専修
宗教研究にはさまざまなアプローチの仕方があるが、当専修では伝統的な宗教哲学を中心に据えている。人間存在の根源を掘り下げて思惟し抜く力の育成がめざされる。
キリスト教学専修
本専修は、キリスト教の歴史と思想の全般を純粋に学問的な見地から研究することを目的とする。聖書や教父から、現代キリスト教思想や宗教哲学まで、深く学ぶことができる。
美学美術史学専修
本専修は、美学・芸術学、美術史学、比較芸術史学の三分野からなり、美や芸術の成り立ち、日本や西洋の美術作品の研究、地域を越えた芸術の比較研究といった諸問題を学ぶ。
